Этот мультфильм расскажет нам историю о злом гении Мегамозге, который в прошлом угрожал Метро-сити, но теперь стал героем и защитником города. Казалось бы, все злодеи побеждены и проблем нет. Но однажды вновь появилась старая знакомая команда злодеев - Синдикат рока. Их цель - создать хаос и наслаждаться своими злодеяниями.
Мегамозгу предстоит сделать сложный выбор: играть роль злодея, чтобы получить информацию о целях Синдиката рока, или же остаться на стороне добра, ведь он знает, что его бывшие коллеги могут причинить вред жителям. Он решает действовать тайно и находит союзников, которые помогут ему в его миссии.
В процессе своих расследований Мегамозг обнаруживает, что Синдикат рока планирует отправить всё население на Луну, используя космический корабль. Это представляет серьезную угрозу для жителей города, и наш герой не сможет остаться в стороне. Он не сдается и продолжает свою опасную миссию, находя новых союзников.
